У редкого в Литве памятника архитектуры с чертами манеристического стиля, - здания костела Св.Стяпонаса продолжают работать реставраторы. Фасады костела начали штукатурить в характерный для Ренессанса цвет - темно-пепельныйСейчас реставрационным проектом предусмотрена ренессансная отделка фасадов и восстановление сграфитного декора. На эти работы в 2010 г. Департамент культурного наследия выделил 400 тыс. литов.
Еще в 2007 году, когда удаляли с фасадов рассыпавшиеся фрагменты штукатурки, обнаружились новые слои сграфитного декора с более сложным и разнообразным рисунком. Обнаружены также ранее неизвестные декорированные по периметру окошки, остатки отбитого карниза между этажами и другие фрагменты. Поэтому решения реставрации фасадов были откорректированы, продолжены полихромные исследования. Работы по восстановлению костела Св.Стяпонаса, расположенного неподалеку от автобусного и железнодорожного вокзалов, проводятся с 2005 года. Более чем за четыре года устранены слои поздней неоригинальной штукатурки, освобождены два овальных окошка, восстановлены башенки, отреставрирован рельефный крест с восточной стороны, исполненный в стиле Ренессанс, оконная ниша на северном фасаде, восстановлены ставни, исторический профиль основного карниза костела. Были проведены археологические исследования, укреплен и отреставрирован фундамент, проведен ремонт цокольной части здания и проложена гидроизоляция, отремонтированы громоотводы, обновлена черепичная крыша.
Поскольку уровень земли за последние несколько десятков лет значительно поднялся, на северной стороне уровень земли у костела был снижен примерно на 0,35 см, а напротив входа - примерно на 1,30 см. На все эти работы было выделено более 2 млн литов из государственного бюджета. Костел Св.Стяпонаса - памятник архитектуры эпохи позднего Ренессанса. Его первоначальный силуэт с башней можно увидеть на плане вильнюсских оборонительных сооружений Гяткантаса. Но сегодня костел предстает перед нами, измененный стилистическими тенденциями других эпох: нет ренессансной башни, ренессансное пространство костела увенчано заниженной до пропорций классицизма крышей, расширены узкие ренессансные окна.
Костел Св.Стяпонаса построен в 1600 году в южной части города, в предместье Руднинкай. Инициатором строительства являлся иезуитский священник Симонас Висоцкис. В 1604 году в этом костеле состоялась церемония канонизации Св.Казимераса. Во дворе костела погребен вильнюсский архитектор-классицист Лауринас Стуока-Гуцявичюс.